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個人の方が義援金を被災地に設置された災害対策本部に対して支払った場合や、日本赤十字社などを通じて支払った場合（最終的に被災地方団体に拠出されるもの）は、特定寄附金に該当し、「ふるさと納税」として寄附金控除が受けられます（2千円を超える部分の金額が所得税と個人住民税から控除)。

ただし、募金団体を通じた義援金については、ワンストップ特例の適用はないため、控除を受けるためには申告が必要となります。

なお、法人がこれらの義援金を支出した場合は、「国等に対する寄附金」に該当し、全額が損金に算入されます。